Der Ort Weener ist über 1050 Jahre alt. Bereits 951 wurde Weener das erste Mal urkundlich erwähnt (in den Heberegistern des Klosters Werden). Die Stadtrechte erhielt der Ort im Jahr 1929. Im 15. Jahrhundert war Weener noch eine stolze Handelsstadt, wurde aber im dreißigjährigen Krieg nahezu vollständig niedergebrannt. Deswegen ist im Stadtwappen auch ein Phönix als Symbol der Auferstehung aus dem Feuer abgebildet.

Die Baumschule Hesse und der Pferdegroßhändler, der u.a. Pferde an den Französischen Königshof lieferte, brachten Weener großen Wohlstand ein.
Im Kaiserreich war Weener die Kreisstadt des Altkreises Weener, der in etwa das heutige Rheiderland auf deutscher Seite umfasst.
Der Kreis Weener wurde 1932 aufgelöst. Bis dahin war er der kleinste Kreis im Deutschen Reich.

Der im 16.Jahrhundert angelegte Tidehafen  in Weener, der mit Ende der Segelschiffzeit um 1900 an Bedeutung verlor, ist 1981/82 mit erheblichem Aufwand wieder instandgesetzt worden. Zusammen mit dem Sportboothafen und dem neu entstandenen Marinapark bildet er jetzt eine Einheit, die es erlaubt, dass Gästeboote fast im Zentrum der Stadt anlegen können.
Mitte des 16. Jahrhunderts erhielt Weener das Waagerecht. Das Waagegebäude stand an der Ecke Süderstr./ Osterstr.
Im 18. und 19. Jahrhundert wurden dort auch Gerichtstermine abgehalten. 1881 wurde an der Hindenburgstrasse 2 eine neue Waage gebaut.
Auf dem höchsten Punkt Weeners liegt die historische St. Georgskirche , die heutige ev.-ref. Kirche, die um 1230 erbaut wurde. Die berühmte Arp-Schnitger-Orgel stammt aus dem Jahre 1709/10. In unmittelbarer Nähe hierzu gibt das Organeum einen Einblick in die vielfältige Kultur unserer reichhaltigen Orgellandschaft.

Der Kaakebogen bildete die Trennung zwischen kirchlichem und weltlichem Bereich. Die Kaake war früher ein bedeutender Marktplatz am Verkehrsknotenpunkt Leer-Holland und Westfalen. Hier wurden die Vieh- und Pferdemärkte abgehalten. Besonders durch den Pferdehandel mit südeuropäischen Ländern war Weener bekannt. Auch Getreide wurde damals nach Südeuropa verschifft. Mitte des 19.Jahrhunderts wurde der Pferdehandel durch den Handel mit Zucht- und Nutzvieh abgelöst. Der Kaakebogen wurde 1984 restauriert.
Das heutige Stadtbild wird geprägt von den Häusern aus dem 18. und 19. Jahrhundert. Das älteste Haus in Weener ist das Frohne Haus (Norderstr. 19), aus dem Jahre 1660, mit typischem Renaissancegiebel. Bei einem Besuch im Heimatmuseum mit seinen prähistorischen Funden und kulturhistorischer Abteilung erfährt man viel über die Landschaft und ihre Menschen.

Die Orgelbildungsstätte (Organeum) ist in einem historischen Gebäude (Neugotik) untergebracht und bietet reichlich Gelegenheit, Einblicke in die Orgelkultur des hiesigen Raumes zu erhalten.
Sehenswert ist in der Ortschaft Stapelmoor die alte Kreuzkirche (1250-1300)  und das älteste bewohnte Pfarrhaus (1429) in Deutschland sowie die Holländergaleriemühle (1910) oder die Holländergaleriemühle (1899) im Ortsteil Möhlenwarf.

Weener erhielt 1929 die Stadtrechte. 1973 erfolgte die Gebietsreform. Weener schloss sich mit acht Nachbargemeinden zu einer Einheitsgemeinde zusammen.

Die Stadt Weener besteht seitdem  aus neun Ortschaften, die jeweils eine/n Ortsvorsteher/in besitzen:

• Weener (Kernstadt)
• Kirchborgum
• Diele
• Vellage
• Stapelmoor
• Holthusen
• Weenermoor/Möhlenwarf
• St. Georgiwold
• Beschotenweg

Heute ist Weener eine Kleinstadt mit über 16.000 Einwohnern. Weener bietet ein reichhaltiges touristisches Angebot mit Campingplatz für Dauergäste und Touristen, beheiztes Freibad, schöne Radwanderwege (z.B. die Internationale Dollardroute).
Die Liegenschaft des ehemaligen Gerätehauptdepots der Bundeswehr in der alten Landsburg - bei der Friesenbrücke -  wurde von 1939 bis Ende des zweiten Weltkrieges von der Metallwarenfirma Klatte aus Bremen genutzt und weiter ausgebaut. Während des 2. Weltkrieges wurden dort Flugzeugteile gebaut. Zahlreiche Kriegsgefangene, Fremdarbeiter und Einheimische waren in den Fabrikations- und Montagehallen beschäftigt. Das Werk war so gut getarnt, dass es als landwirtschaftlicher Betrieb wirkte. Die Fabrik wurde nach Kriegsende auf Verfügung der alliierten Kontrollkommission demontiert. In der ehemaligen Bundeswehrliegenschaft befindet sich noch eine Ausbildungswerkstatt der Bundeswehr. Der Rest wird von der Stadt Weener als Bauhof genutzt und von einem niederländischen Investor vermarktet.